עם גרפיקה תלת-ממדית מפורטת ומלאת חיים ויותר מ-20 מבוכים מסתוריים המשתנים בכל פעם שהם נכנסים, הרפתקה כמעט בלתי מוגבלת ממתינה לשחקנים ולחבריהם הפוקימונים במשחק החדש הזה.
הפוך לאחד מחמישה פוקימונים פופולריים מהזיכיון המועדף על המעריצים - Pikachu, Snivy, Oshawott, Tepig או Axew - ותסע דרך מבוכים אינסופיים, נלחם והתיידד עם פוקימונים אחרים, אסוף אוצרות וחקור את העולם העצום והיפה של המשחק - הכל בתלת מימד מדהים . ב-Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity, ישנם מבוכים רבים הנקראים Mystery Dungeon שמשנים את צורתם בכל פעם ששחקן נכנס. פוקימונים, פריטים ואוצר בתוך צינוק מסתורי ישנו מיקום בכל פעם ששחקן ייכנס מחדש.
שחקנים יכולים לקבל גישה למבוכי מסתורין נוספים דרך "Magnagates". כדי לפתוח את ה-Magnagates, שחקנים סורקים אובייקטים עגולים בעולם האמיתי באמצעות מצלמת ה-Nintendo 3DS, ומאפשרים להם להמשיך בהרפתקאותיהם, גם לאחר שסיימו את מבוכים המסתורין הראשיים.
Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity מציגה לסדרה גם תכונות מרובי משתתפים אלחוטיות. פרטים נוספים על פונקציונליות זו ישותפו בעתיד.